Pieter Dirksen es concertista de órgano y clave y toca el bajo continuo en varios conjuntos. Estudió musicología y ha publicado gran número de artículos así como ediciones musicales en el campo de la música barroca. En 1996 defendió una tesis sobre la música para teclado de Jan Pieterszoon Sweelinck y obtuvo su doctorado „cum laude“. Esta tesis, publicada en 1997, recibe el Praemium Erasmianum. Sus estudios sobre la música de Johann Sebastian Bach han adquirido gran notoriedad.
Aunque desde su juventud la música de Bach se encuentra en el centro de su universo musical, Pieter Dirksen también se siente fuertemente atraído por la riqueza del siglo XVII, incluyendo la música de los virginalistas ingleses, de Sweelinck, de la escuela nórdica de Alemania, de Froberger, por el repertorio mediterráneo, especialmente por la tradición clásica francesa. Pieter Dirksen es miembro de Combattimento y de La Suave Melodia. Como continuista trabajó con varias orquestas y conjuntos. Pieter Dirksen es organista en el órgano histórico André Severin (c.1648) de la iglesia de San Martín de Cuijk. Frecuentemente es invitado a actuar solista tanto con el clave clavecín como con los órganos históricos en los Países Bajos y en el extranjero, y para dar cursos y conferencias. Ha realizado gran número de grabaciones.